Vers une phylogénie moléculaire résolue du genre Coffea

Direction Perla Hamon

En raison de la distribution géographique des caféiers, restreinte à l’Afrique et aux îles de l’océan Indien jusque fin 2011, l’origine des caféiers malgaches a, depuis « toujours », été considérée africaine. La distribution géographique des espèces naturelles de caféiers a été récemment étendue à l’Inde, à l’Asie du Sud-Est et à l’Australie, avec l’intégration du genre Psilanthus. Cette intégration repose la question de l’origine des caféiers malgaches et plus largement du genre Coffea.

Une étude préliminaire de l’équipe a montré que la résolution des arbres pouvait être très largement améliorée en utilisant des données issues de séquences génomiques (non ITS ou chloroplastiques jusque-là utilisées).

Dans ce contexte, nous avons développé un jeu de 20 marqueurs nucléaires et testé leur capacité à établir les relations phylogéniques au sein des Coffea. L’analyse de ces séquences (introns plus exons) a montré que la première divergence correspond aux Psilanthus, la seconde à trois clades non hiérarchisés correspondant à : i) la seule espèce baracoffea testée (représentant un sous-genre au sein des Coffea avant Davis et al 2011), ii) les caféiers de l’Océan Indien (Mascarocoffea) et iii) les espèces africaines elles-mêmes subdivisées en trois clades (deux en Afrique de l’Est et un en Afrique de l’Ouest et Centre).

En tenant compte de cette classification, la méthodologie du « Genotyping By Sequencing, GBS » a été appliquée à l’analyse de plus de 80 espèces sauvages de caféiers incluant notamment des espèces récemment incluses dans le genre Coffea. Ce travail réalisé en partenariat (France, Belgique, Royaume-Uni, Inde, Madagascar et USA) est en cours d’analyse.