Le projet Genome13

Titre

Direction Perla Hamon

Dsc01676

Le projet Genome13 est réalisé dans le cadre d’un Consortium international sous la coordination de Perla Hamon (EvoGeC). Il comprend des équipes de recherche aux compétences complémentaires. Elles sont françaises, publique et privée, africaine (Côte d’Ivoire), Malgache, européenne (Italie), Américaines du nord (USA) et du sud (Brésil), Indienne et Australienne.

G13

Le séquençage des génomes via la technologie Illumina de 13 espèces de caféiers représentatifs des aires majeures de distribution géographique a été réalisé fin 2013. Les 13 espèces ont également été sélectionnées sur la base de la taille de leur génome et leurs distances génétiques établies à partir de marqueurs microsatellites (SSR). Les activités de recherche sont organisées autour de six workpackages majeurs.

Les objectifs de ce projet sont :

  • Comment peut-on expliquer les très grandes différences de taille de génome observées ?
  • Est- ce que l’inclusion récente des Psillantus au sein du genre Coffea se justifiée au niveau génomique global ?
  • Quelles sont les modifications génomiques liées à la spéciation rapide au sein du genre
  • Existe t-il une relation entre la diversité biochimique observée et la diversité génétique ?
  • Quelles sont les possibilités in fine d’intégration d’espèces sauvages dans des programmes d’amélioration ?

L’analyse des données a débuté au cours de l’année 2014.