La séquence du génome de Coffea arabica

Arabica sequence

Direction Alexandre de Kochko & Dominique Crouzillat – Nestlé R&D, Tours

Coffea arabica est l’espèce dont la culture joue un rôle majeur dans l’économie de nombreux pays du Sud. Il s’agit d’une espèce allotétraploïde, d’origine naturelle, apparue en Afrique de l’Est. Son génome, complexe, est constitué de deux sous-génomes, très peu divergents et ancêtres des formes actuelles de C. canephora et de C. eugenioides. Cependant, à ce jour, personne n’a pu produire un tétraploïde synthétique équivalent à cette espèce. 

La séquence du génome de C. canephora étant rendue publique, les données sont disponibles et constituent une base pour l’assemblage du génome de C. arabica. Résoudre la clé de son origine et de l’organisation de son génome constituent un défi particulièrement important, d’autant que la diversité naturelle de l’espèce est faible et que sa mise en culture, à partir de quelques graines, l’a encore réduite dans le groupe des formes cultivées.

Le séquençage de C. arabica se réalise dans le cadre du consortium international ACGC (Arabica Coffee Genome Consortium). Ce consortium est coordonné par Alexandre de Kochko (EvoGec) et Dominique Crouzillat (Nestlé R&D, Tours). Il comprend 15 institutions publiques et privées de 7 pays.

Outre cette séquence de référence, le projet inclut le séquençage d'une trentaine d'accessions sauvages et cultivées ainsi que celle du lectotype de l’espèce. Il s’agira d’évaluer la diversité naturelle de l'espèce comparée à celle que l'activité humaine a pu générer par sélection.

Au terme du projet, un site interactif sera élaboré et ouvert à tous.

Sponsors