EVOGEC

Evolution des Génomes des caféiers

Contexte et objectifs généraux

L’équipe EvoGeC est constituée, pour la composante de l’UMR DIADE, autour de quatre agents titulaires de l’IRD. Par ailleurs, elle développe de très nombreuses collaborations au niveau national et international. Deux étudiantes en thèse, une française de l’Université de Montpellier, et une brésilienne de l’UNESP, sont actuellement en formation.

Les activités de l’équipe EvoGeC (Evolution des Génomes des Caféiers) sont centrées sur le genre Coffea et la famille des Rubiacées. Trois projets sont menés au sein de consortium internationaux. Il s’agit respectivement:

 

De plus, un projet, financé notamment par la communauté européenne et la Région Réunion vise à la réalisation d’une base de données sur les espèces spontanées de caféiersmises en collection àl’île de la Réunion, pour les espècesd’origine africaine, et à Madagascar, avec le FOFIFA, pour les espèces malgaches endémiques.

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En Afrique, la Côte d’Ivoire est un des pays du Sud avec lequel l’équipe développe deux actions de recherche. EvoGec et l’UMR AMAP sont impliquées dans une Jeune Equipe Associée à l’IRD (JEAI MODELCAF), pilotée par l’Université Jean Lorougnon Guédé de Daloa. Par ailleurs, l’équipe coordonne, avec l’UMR IPME, un projet de développement et de structuration de la bio-informatique à Abidjan. Il s’agit de développer une plateforme technique mais aussi de former les scientifiques. Cette opération est financée par la Fondation Agropolis. Des actions de recherche sont menées conjointement avec d’autres pays tel que le projet tripartite « Ouganda-Brésil-France », financé par la Fondation Agropolis, l’Embrapa et le Capes. Ce projet, ClimCoffea., a pourobjectif de mener une analyse détaillée des relations entre les variations climatiques et la variabilité génétique de l’espèce cultivée C. canephora. Au sein de l’UMR DIADE, ce travail est effectué en association avec l’équipe Dynadiv de l’UMR DIADE.

Des actions de valorisation, à différents niveaux sont également engagées autour des caféiers. Deux films documentaires ont été produits par le service audiovisuel de l’IRD, avec un cofinancement du PPR PAREGO, autour du thème de la patrimonialisation des ressources biologiques caféiers à Madagascar et à La Réunion. Un brevet a été déposé sur la traçabilité moléculaire des variétés de caféiers cultivées son optimisation est menée en association avec le GEVES. L’équipe coordonne également la publication d’un ouvrage de synthèse intitulé: The coffee plant genome. Cet ouvrage, publié par Springer, est à paraitre début 2016. Il fera le point sur les apports scientifiques du séquençage des deux espèces de caféiers cultivés.

Au-delà des activités strictement liées aux caféiers, l’équipe coordonne des actions d’encadrement doctoral, via une cohorte de 40 étudiants originaires d’Afrique du Nord, de l’Ouest et du Centre. Cette coordination est placée sous l’égide de l’AUF. Enfin, un ouvrage destiné au grand public intitulé «L’extraordinaire histoire des plantes» est en cours d’édition par l’IRD.

Composition de l’équipe

  • Hamon Perla, responsable, DR2/IRD, Montpellier
  • Couturon Emmanuel, AI/IRD, Montpellier
  • de Kochko Alexandre, DR2/IRD, Montpellier
  • Hamon Serge, DRCE/IRD, Montpellier

Accueils en cours